Kohana - в первую очередь фреймворк, т.е. каркас приложений, и не обязательно для Web. Результатом работы Веб приложения может быть не только гипертекст(HTML) но и JSON, XML, изображения, простой текст, так и вовсе ничего.
Понятно, что в зависимости от размера проекта и назначения проекта иногда приходиться писать демоны, которые занимаются рассылкой почты, бэкапами бд, различными пересчётами, транскодингом и много чем ещё...
Всё-таки оказалось, что kohana сильно ориентирован на вэб, хотя казалось бы, компоненты должны быть отдельно друг от друга.
Для написания консольного приложения(впрочем как и "демона") на основе Kohana нужно немного "допилить" контроллер. По-прежнему всю логику будет выполнять именно он, за одним исключением - если приложение и будет что то выводить - то это сообщения для отладки.
Важным моментом в этом является отлавливание ошибок. Стандартный отлов ошибок и исключений будет работать по-прежнему, но при малейшем E_NOTICE у вас в консоль отобразиться как минимум строк сто HTML кода - страница ошибки. Рано или поздно надоест прокручивать вверх и разбираться в коде - почему бы не представить ошибку в более понятном и читаемом виде?